Atomega spielt am Ende von Raum und Zeit, wo sich die Realität immer schneller auflöst.Exoformen sind das einzige, was noch existiert, superfortschrittliche postbiologische Lebensformen, Meister von Materie und Energie, und die letzten entfernten Verwandten von Menschen und Maschinen. Während die Gesetze der Physik langsam außer Kraft gesetzt werden, kämpfen die Exoformen um Spaß und Herrschaft, wobei sie die letzten Momente des Universums in einer Arena am Rande der Zerstörung immer wieder erleben.

Der Spieler sammelt entweder auf friedliche Art und Weise oder innerhalb eines Feuergefechts Masse und transformiert damit seine Exoform vom winzigen Atom zum gottgleichen Omega. Der Wettkampf um die Vorherrschaft wird in intensiven 10-minütigen Runden mit bis zu acht Spielern ausgetragen. Das Einsammeln von Masse wird dabei mit Punkten belohnt und der Spieler mit den meisten Punkten am Ende der Runde gewinnt. Atomega ist eine sehr intensive Wettkampferfahrung, die leicht zu spielen, aber schwer zu meistern ist, und die in ihrer leichtherzigen Art die Persönlichkeit des kleinen Entwicklerteams widerspiegelt.